Die Dauerausstellung des Naturkundemuseums hat einen regionalen Schwerpunkt.
In der Abteilung zur Sammlungsgeschichte im Erdgeschoss können Sie viel zur Geschichte des Museums und seiner Sammlungen erfahren. Die ältesten Objekte im Naturkundemuseum im Ottoneum stammen aus dem späten 16. Jahrhundert und sind damit sogar noch älter als das Museumsgebäude selbst, das 2006 seinen 400. Geburtstag feierte. Sie waren Bestandteil der fürstlichen Kunst- und Wunderkammer, die eine universale Sammlung von Kunstgegenständen, Geräten und Naturalien aller Art darstellte, ganz im Stil der damaligen Zeit.
Zusammen mit Schaustücken aus späteren Jahren bezeugen sie den Wandel im Verständnis der Natur im Laufe von Jahrhunderten.
Im Ausstellungsbereich zur Erdgeschichte im ersten Obergeschoss zeigen wir auf, wie sich Landschaft, Tier- und Pflanzenwelt der Region im Laufe von Jahrmillionen verändert haben. Darüber hinaus können Sie in mehreren aufwändig gestalteten Lebensrauminszenierungen viele Informationen über die Natur in Nordhessen erhalten.